小規模事業者持続化補助金のインボイス特例とは？

インボイス特例とは、インボイス登録をして課税事業者になると、補助上限額が50万円増額される制度です。
一般型というくくりの中に、「インボイス特例」と表記されている部分があります。

通常の上限額は50万円ですが、インボイス特例を利用すれば最大100万円まで補助が受けられます。
たとえば、内装工事のグレードを上げたり、チラシ広告だけでなくSNSなどのWebマーケティングにも予算を充てられるといった活用が可能になります。

インボイス特例の適用範囲

インボイス特例は一般型だけでなく、創業型にも適用されます。
また、賃金引上げ特例と併用可能です。
従来の小規模事業者持続化補助金では、創業型は「創業枠」、賃金引上げ特例は「賃金引上げ枠」として分類されていましたが、現在は「枠」ではなく整理されています。
出典：小規模事業者持続化補助金ガイドブック

2025年度版！小規模事業者持続化補助金の「創業型」とは？創業枠からの変更点は？

インボイス特例が適用されるための要件

インボイス特例を利用するには、すべての適用要件を満たす必要があります。事業者は、自社が要件を満たしているかを確認しましょう。

インボイス特例の適用要件

要件
内容
1.免税事業者から適格請求書発行事業者に転換すること
2021年9月30日～2023年9月30日の課税期間内に一度でも免税事業者であった事業者
2023年10月1日以降に創業し、免税事業者であることが見込まれる事業者
2.申請要件をすべて満たすこと
小規模事業者持続化補助金の申請要件とインボイス特例の適用要件をすべて満たす必要がある
どちらか一方でも満たしていない場合、補助金の支給対象外となる
3.過去にインボイス枠で採択を受けていないこと
第11回公募まで設けられていた「インボイス枠」で採択を受け、補助事業を実施した（している）事業者は対象外

各要件の詳細

1. 免税事業者から適格請求書発行事業者に転換すること

• インボイス特例の対象となるには、適格請求書（インボイス）発行事業者に転換する必要があります。
• 税務署に登録申請書を提出し、審査を通過すると、適格請求書を交付できる課税事業者になります。

2. 申請要件をすべて満たすこと

• 小規模事業者持続化補助金の申請要件とインボイス特例の適用要件の両方を満たす必要があります。
• どちらか一つでも満たしていない場合、インボイス特例の対象外となるだけでなく、補助金の支給も受けられません。

3. 過去にインボイス枠で採択を受けていないこと

• 小規模事業者持続化補助金＜一般型＞の「インボイス枠」で採択された事業者は、インボイス特例の申請ができません。
• 既にインボイス枠で補助事業を実施している事業者も対象外となります。

インボイス特例の背景

インボイス制度は2023年10月1日から開始されました。
この特例は、以下の事業者を支援する目的で設けられています。

• インボイス開始前の2年間（2021年9月30日～2023年9月30日）に免税事業者だった人
• インボイス制度開始後（2023年10月1日以降）に創業した人

この特例を活用すると、通常の補助上限額50万円が100万円まで増額され、事業拡大のチャンスが広がります。
例えば、設備投資の質を上げたり、広告費を増やして集客力を強化したりすることが可能になります。インボイス登録のタイミングに注意しながら、補助金を最大限に活用しましょう！

インボイス特例を受ける際の注意点

インボイス特例は、通常枠の補助上限額を2倍にできるメリットがあります。
また、申請時や実績報告時に必要な書類も少なく、手続きが比較的シンプルです。
しかし、この特例には特有の注意点があるため、事前にしっかり確認しておきましょう。
主な注意点は以下3つです。

1. インボイス登録の申請は早めに行う
2. インボイス登録が間に合わないと補助金が全額取り消しになる
3. 過去に「インボイス枠」や「インボイス特例」を受けていないか確認する

1.インボイス登録の申請は早めに行う

インボイス登録には時間がかかるため、申請のタイミングに注意が必要です。
登録完了までの目安は以下の通りです。


申請方法
登録完了までの期間

e-Tax（電子申請）
約1カ月
書面での申請
約1.5カ月
補助金の交付が取り消される事態を防ぐためにも、余裕をもってインボイス登録を完了させることが重要です。

2.インボイス登録が間に合わないと補助金が全額取り消しになる

インボイス特例を付けて申請し、採択された場合でも、補助事業の終了時までにインボイス登録が完了していなければ、補助金は交付されません。
たとえば、
通常枠 50万円 + インボイス特例 30万円 = 80万円
の補助金申請をしたとします。
この場合、もしインボイス登録が間に合わなければ、インボイス特例の30万円だけでなく、通常枠の50万円も含めた 全額（80万円）が交付されません。

3. 過去に「インボイス枠」や「インボイス特例」を受けていないか確認する

インボイス特例は、何度も申請できるものではありません。
以下のいずれかで過去に採択を受けた事業者は、再度インボイス特例を申請することはできません。

• 旧制度の「インボイス枠」で採択されたことがある事業者
• 現在の「インボイス特例」で採択されたことがある事業者

インボイス特例を受ける際のポイント整理

• インボイス登録は補助事業終了時点までに完了必須！
• 登録が間に合わないと、補助金が全額交付されない
• インボイス登録は申請から1～1.5カ月かかるため、早めに手続き
• 過去に「インボイス枠」や「インボイス特例」を受けていないか確認

この特例を活用するためには、インボイス登録のタイミングが重要です。

インボイス登録の方法

インボイス特例を利用するには、適格請求書発行事業者（インボイス発行事業者）として登録が必要です。
ここでは、インボイス登録の手続き方法を解説します。
より詳しい情報は、国税庁の公式サイトをご確認ください。
インボイス発行事業者の登録申請は、以下の2つの方法があります。

1. e-Tax（電子申請）（推奨）：「e-Taxソフト」または「スマートフォン」からオンライン申請可能
2. 郵送申請：所轄の税務署に書類を郵送

国税庁によると、インボイス登録には約1カ月かかりますが、申請内容に誤りがあるとさらに時間がかかるため、早めの申請が重要です！
参考：国税庁

事前に準備するもの

インボイス登録申請には、以下の準備が必要です。
1. 利用者識別番号（16桁）： e-Taxで取得可能
2. 電子証明書（マイナンバーカード）：マイナンバーカードを利用して本人確認を行う

e-Taxでの登録申請（パソコン版）

マイナンバーカードを利用して「e-Taxソフト」から申請します。
【申請手順】

1. e-Taxソフトにログイン（マイナンバーカードで認証）
2. 問答形式で必要事項を入力➤質問に答える形で申請書が自動作成される
3. 入力完了後、画面の指示に従い送信
4. 登録通知を待つ（約1カ月程度）

問答形式なので、質問に答えるだけで簡単に申請できます！

e-Taxでの登録申請（スマホ版）

スマホでもe-Tax申請が可能です（個人事業主のみ）

スマホ申請の条件

• 国内の個人事業主のみ対応
• マイナンバーカードの読み取り機能があるスマートフォンが必要

【申請手順】

1. スマートフォンのe-Taxサイトにアクセスし、マイナンバーカードでログイン
2. 問答形式で必要事項を入力
3. 入力完了後、画面の指示に従って送信
4. 登録通知を待つ（約1カ月程度）

以下のような通知が来たら完了です。
出典：国税庁

郵送での登録申請

書類での申請も可能ですが、手続きが遅くなる可能性があります。
【申請手順】

1. 所轄の税務署から「適格請求書発行事業者の登録申請書」を入手（国税庁のサイトからダウンロードも可能です）。
2. 必要事項を記入し、所轄の税務署へ郵送
3. 登録通知を待つ（約1.5カ月程度）

どの方法が最もおすすめ？

申請方法
対応事業者
申請にかかる期間
メリット

e-Tax（パソコン）
個人事業主・法人
約1カ月
早い・問答形式で簡単
e-Tax（スマホ）
個人事業主のみ
約1カ月
スマホで手軽に申請可能
郵送申請
個人事業主・法人
約1.5カ月
手続きが簡単だが時間がかかる
e-Taxでの申請が最もスムーズでおすすめです。
特に、パソコン版e-Taxは法人でも利用でき、入力も簡単なため、手続きの早さを重視する方に最適です。

インボイス登録のポイント整理

• e-Tax（パソコン版・スマホ版）または郵送で申請可能
• 登録完了までに約1～1.5カ月かかるため、早めの申請が重要
• 申請前に「利用者識別番号」と「マイナンバーカード」を準備する
• 個人事業主はスマホ申請も可能（ただし対応端末が必要）
• 法人はe-Tax（パソコン版）または郵送で申請

インボイス特例を受けるのに必要な書類

申請時

申請時点でインボイス登録済み、または登録申請中の場合は、以下の書類が必要です。
インボイス登録を既にしている場合：「適格請求書発行事業者の登録通知書」の写し
e-Taxで登録申請手続き中の事業者：登録申請データの「受信通知」画面の写し
これらの書類を提出できない場合（インボイス登録申請前の事業者）は、申請時に特別な書類提出は不要です。

実績報告時

申請時に上記書類を提出していない事業者は、実績報告時に「適格請求書発行事業者の登録通知書」の写しが必要になります。
補助事業の終了時点でインボイス登録が完了していない場合、補助金は交付されないため注意が必要です！

ポイント整理

• e-Taxで申請中なら「受信通知」の写しを提出
• 申請時点でインボイス登録済みなら「登録通知書の写し」を提出
• 申請時に未登録でもOKだが、実績報告時までに「登録通知書」を提出する必要あり

インボイス登録のタイミングによって必要書類が変わるので、事前に準備を進めましょう！

専門家と二人三脚でスムーズな申請を！

インボイス特例は補助上限額が増えるメリットがある一方で、申請のタイミングやインボイス登録の完了期限を守らないと、補助金が全額取り消されるリスクもあります。
申請の流れやスケジュールを正しく把握し、スムーズに手続きを進めるためには、専門家と協力するのも一つの有効な選択肢です。

専門家に相談することで、申請ミスを防ぎ、手続きをスムーズに進められるだけでなく、補助金の要件や最新の制度変更にも的確に対応できます。また、申請書の作成や必要書類の準備をサポートしてもらえるため、事業者自身の負担を大幅に軽減できる点も大きなメリットです。
補助金の活用を最大限に引き出すためにも、ぜひ専門家と二人三脚で進める選択肢を検討してみてください！

監修者からのワンポイントアドバイス

インボイス特例は昨年から開始され、今年も継続されます。いつまで特例が続くかは分かりませんが、所定の条件に合致しインボイス特例を検討できるようでしたら活用されると良いでしょう。これからインボイス登録予定の方も本特例の対象となっています。

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